Phía Hoa Kỳ cho là nhờ có chiến dịch Phượng Hoàng, tính đến tháng 6 năm 1970, đã có 91% trên tổng số 10,944 ấp được coi là an ninh hay tương đối an ninh, và 7.2% đang còn tranh chấp, và chỉ có 1,4% được coi như là do Việt Cộng kiểm soát. Những con số đó theo họ đã chứng tỏ một "sự suy giảm ảnh hưởng của hạ tầng cơ sở Việt Cộng" (HTCSVC).[2] Hoa Kỳ cho rằng Chiến dịch Phụng Hoàng đã đạt hiệu quả, nên khi quân Giải phóng mở Chiến dịch Xuân - Hè 1972 và Chiến dịch Mùa xuân năm 1975 thì nguồn nhân lực chủ yếu không còn là cư dân địa phương nữa mà là các đơn vị hành quân từ miền Bắc vào.[16] Tuy nhiên quan điểm này ngày nay đã được xem xét kỹ lại, vì việc quân Giải phóng thay đổi hình thái đấu tranh từ nổi dậy địa phương sang hoạt động quân sự chỉ thuần túy là quyết định rút ra từ kết quả của Cuộc tổng tiến công Tết Mậu Thân, cùng với việc cán cân lực lượng đang thay đổi rõ rệt. Khi khối chủ lực của quân Giải phóng ngày càng lớn mạnh, trang bị tốt hơn (có cả xe tăng, đại bác) thì việc chuyển dần sang đánh chính quy là điều đương nhiên, và đánh du kích không còn là ưu tiên hàng đầu nữa. Bên cạnh đó, trong quá trình diễn tiến của các chiến dịch năm 1972 và 1975, lực lượng dân sự tại miền Nam đã đóng vai trò quan trọng giúp lực lượng quân sự giành quyền kiểm soát tại khắp các địa phương chứ không hề biến mất như phía Hoa Kỳ vẫn nghĩ.

Theo số liệu của quân Giải phóng, năm 1966, dân quân du kích trên toàn miền Nam có 301.354 người, năm 1967 là 302.638 người, đầu năm 1975 con số này là 296.984 người[17] Như vậy, chiến dịch Phượng Hoàng gần như không làm suy giảm số lượng dân quân du kích của quân Giải phóng hoạt động tại miền Nam như phía Hoa Kỳ tuyên bố.

Thực tế, chương trình Phụng Hoàng còn gây hậu quả xấu lâu dài cho Hoa Kỳ - VNCH vì nó tạo ra sự bất bình trong dân chúng. Chương trình này nguy hiểm ở chỗ nó bị sử dụng để đàn áp những người bất đồng quan điểm với chính phủ VNCH bất kể họ là Việt Cộng hay không. Nó cũng góp phần đáng kể cho sự nhũng loạn của hệ thống hành chính, khi nhiều quan chức địa phương đe dọa người dân hoặc tha bổng người bị bắt để đòi hối lộ.

Thậm chí một số chuyên viên quân sự cho rằng chương trình Phụng Hoàng mang lại tác động tích cực cho Mặt trận Dân tộc Giải phóng hơn là gây tác hại. Việc tù đày, tra tấn rất nhiều người mà phần nhiều là những người chỉ hoạt động ở tầng thấp (thậm chí có thể chỉ là dân thường bị oan) - khiến dân chúng nhiều khi quay sang hợp tác với Mặt trận Giải phóng, còn Việt Nam Cộng hòa thì ngày càng bị một bộ phận lớn dân chúng xa lánh. Có ý kiến còn cho rằng, chương trình này gây mất lòng dân chúng hơn bất kỳ hành động nào khác của quân đội viễn chinh Mỹ và chính quyền Sài Gòn.[5]

Chương trình Phụng Hoàng thường được gọi bằng cái tên "chiến dịch ám sát", và bị chỉ trích là một ví dụ tiêu biểu của những hành động tàn bạo, xâm phạm nhân quyền mà CIA và các tổ chức của nó đã tiến hành. Theo thống kê của Mỹ, trong năm 1969, 19.534 người bị coi là Việt Cộng đã bị "vô hiệu hóa" (từ sử dụng trong chương trình Phụng Hoàng): 6.187 người bị giết, 8.515 bị bắt, 4.832 người về theo chương trình chiêu hồi. Tới năm 1971, William Colby đưa ra con số người bị giết trong chương trình này là 20.857. Con số của chính quyền Sài Gòn còn cao hơn rất nhiều: 40.994[18]. Cá biệt, một nhóm dưới sự chỉ đạo của Karl Sherrick và Gary Leroy giết tới 23 người trong một tháng. Các đơn vị của hai người này chịu trách nhiệm về 200 cái chết trong các đợt hành động của họ. Tuy nhiên, chỉ có dưới 10% số nạn nhân của chương trình Phượng Hoàng đã thực sự là mục tiêu của chương trình này. Phần còn lại bị gán là cơ sở của Mặt trận Dân tộc sau khi họ đã bị giết hại. Các nỗ lực của các tỉnh trưởng nhằm đạt chỉ tiêu giao phó cũng dẫn đến sự phóng đại con số thống kê bằng cách tính cả các vụ bắt giữ người không theo Mặt trận Dân tộc, bắt giữ nhiều lần một đối tượng, và đưa cả số người chết từ các hoạt động quân sự vào kết quả chương trình Phụng Hoàng.

Ngoài ra, cơ sở để định đoạt một đối tượng có phải là du kích nằm vùng hay không cũng rất thiếu cụ thể. Trong nhiều trường hợp, người này vu khống người kia là Việt Cộng để mượn tay quân đội Mỹ giết kẻ mình thù oán.